Ngày 26 tháng 9 năm 2006, Abe nhậm chức Thủ tướng Nhật Bản sau khi thủ tướng đương nhiêm là Koizumi Junichirō từ chức.[26] Ở tuổi 52, ông là thủ tướng trẻ nhất kể từ Fumimaro Konoe năm 1941.[27]

Chính sách đối nội

Abe thể hiện cam kết với những cải cách của người tiền nhiệm Koizumi Junichiro.[27] Ông tiến hành cân bằng ngân sách của Nhật Bản qua một số hành động, như là bổ nhiệm Omi Kōji, một chuyên gia chính sách về thuế, làm Bộ trưởng Tài chính. Omi từng ủng hộ việc tăng thuế tiêu thụ quốc gia, tuy nhiên Abe không đồng tình với chính sách này và cố đạt mục tiêu ngân sách qua việc cắt giảm chi tiêu.[28]

Từ 1997, Abe đã ủng hộ việc cải cách sách giáo khoa lịch sử gây nhiều tranh cãi và New History Textbook.[29] Tháng 3 năm 2007, Abe, cùng với các chính trị gia cánh hữu, đề xuất một đạo luật nhằm khuyến khích chủ nghĩa dân tộc và "tình yêu quê hương tổ quốc" hướng tới giới trẻ Nhật Bản (教育基本法).[30]

Abe giữ quan điểm bảo thủ trong tranh cãi thừa kế Nhật Bản, và không lâu sau khi Thân vương Hisahito của Akishino chào đời, ông bác bỏ một đề xuất sửa đổi lập pháp cho phép phụ nữ thừa kế Ngai vàng hoa cúc.[31]

Chính sách đối ngoại

Bắc Triều Tiên

Abe nhìn chung có lập trường cứng rắn đối với Bắc Triều Tiên, đặc biệt trong việc nước này bắt cóc công dân Nhật Bản.

Trong các cuộc đàm phán năm 2002 giữa Nhật Bản và Bắc Triều Tiên, Thủ tướng Koizumi và Lãnh tụ tối cao Kim Jong-il đồng ý cho phép những người bị bắt cóc đến thăm Nhật Bản. Một vài tuần sau chuyến thăm, chính phủ Nhật Bản quyết định những người bị bắt cóc sẽ bị giới hạn trở về Bắc Triều Tiên nơi gia đình của họ sinh sống. Abe nhận công cho chính sách này trong quyển sách bán chạy của ông, Hướng đến một Quốc gia Tươi đẹp (美しい国へ, Utsukushii kuni e?). Bắc Triều Tiên chỉ trích quyết định của Nhật là sự vi phạm lời hứa ngoại giao, và cuộc đàm phán kết thúc.

Trung Quốc và Đài Loan

Abe đã công nhận nhu cầu cải thiện quan hệ với Trung Quốc và, cùng với Bộ trưởng Ngoại giao Asō Tarō, tổ chức một cuộc họp thượng đỉnh với Nguyên Chủ tịch Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa Hồ Cẩm Đào.[32] Abe cũng khẳng định quan hệ Nhật Bản–Trung Quốc không nên dựa vào cảm xúc nữa.[33]

Abe nhận được một số ủng hộ bởi các chính trị gia Đài Loan thuộc Liên minh Toàn Lục hướng đến Đài Loan độc lập. Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc Trần Thủy Biển chúc mừng Abe lên chức thủ tướng.[34] Một phần của sự ủng hộ này là do yếu tố lịch sử: ông ngoại ông Kishi Nobusuke ủng hộ Đài Loan, và em trai của Kishi, Eisaku Satō, là thủ tướng cuối cùng đến thăm Đài Loan khi tại chức.[34]

Ấn Độ

Abe thể hiện mong muốn nâng cấp quan hệ Ấn Độ–Nhật Bản chiến lược.[35] Năm 2007, Abe khởi xướng Đối thoại An ninh Bốn bên giữa Nhật, Mỹ, Úc, và Ấn Độ.[36] Tháng 8 năm 2007, Abe thực hiện chuyến thăm ba ngày đến Ấn Độ để thiết lập mối quan hệ song phương mới, xây dựng trên cơ sở lịch sử thân thiện giữa hai nước.[37] Chính sách đối ngoại thiết thực đối với Ấn Độ của Abe nhằm thúc đẩy sự phát triển kinh tế Nhật Bản qua một đối tác quan trọng tại châu Á.[38]